El 26 de abril de 2005, el Colegio Académico de la Universidad Autónoma Metropolitana –de acuerdo con la Propuesta para el Establecimiento de la Unidad Cuajimalpa del Rector General de la UAM, doctor Luis Mier y Terán Casanueva– aprobó la creación de la cuarta unidad en el Acuerdo 264.3. Mensaje del Rector General de la UAM ante el Colegio Académico, Sesión 264.
El 12 de mayo de 2005, se presentó la terna propuesta por el Rector General y se invitó a la comunidad universitaria a la auscultación para nombrar Rector de la Unidad Cuajimalpa.
El 24 de mayo de 2005 se designó a la doctora Magdalena Fresán Orozco como primera Rectora de la Unidad Cuajimalpa de la Universidad Autónoma Metropolitana.
El primero de junio de 2005, la doctora Magdalena Fresán Orozco tomó posesión como rectora.
El 29 de mayo de 2009, se presentó la terna propuesta por el Rector General y se invitó a la comunidad universitaria a la auscultación para nombrar al segundo Rector de la Unidad Cuajimalpa.
El 4 de junio de 2009 se designó al doctor Arturo Rojo Domínguez como segundo Rector de la Unidad Cuajimalpa de la Universidad Autónoma Metropolitana.
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